«Выход из Африки»: те же грабли, только в разрезе

Научная статья Анатолия Клёсова, доктора химических наук, профессора, который рассматривает позиции современной истории и антропологии с точки зрения ДНК-генеалогии.

К вынесенной в заглавие теме приходится возвращаться снова и снова, но мне не в тягость. Во-первых, тема интересна с точки зрения методологии современной науки, в данном случае популяционной генетики, перенесенной на почву исследования генома. Техническая сложность резко повысилась, но попгенетики остались теми же, при вопиющем отсутствии у них адекватной научной школы. Во-вторых, на тему геномных исследований практически нет научно-популярных статей, отчасти потому, что популяционные генетики обыкновенно косноязычны, статьи они пишут по стилю и способу изложения ужасные, и научно-популярные статьи у них получаются как на том заводе, который что ни делает, а получается танк. Иначе говоря, у них получается не научно-популярная статья, а такое же вязкое, неудобоваримое «изложение».
 
Наконец, они не могут писать доходчивых научно-популярных статей по результатам изучения генома человека, потому что они сами не понимают смысл того, что делают. Они берут сотни тысяч и миллионы геномных снипов, что-то там складывают и вычитают по неким прописям, удаляют то, что им по разным причинам не нравится, причем удаления достигают до трети исходных снипов, потом закладывают в компьютер, тот пережевывает и что-то выплевывает, они это «интерпретируют», причем так, что волосы дыбом становятся, и результат публикуют как якобы научное исследование.
 
Но это еще полбеды, а самая беда у попгенетиков от генома имеет ментально фундаментальный характер. Главный критерий у них – «похожесть». Вот эту «похожесть» они оформляют в самых разных видах. Основной – это «метод главных компонент». Вся его суть – это найти «похожесть» между сравниваемыми величинами, которые берутся самые разные. Если немного утрировать, но только немного – они берут геномы некого индивидуума и его дяди, то есть брата отца. Геномы оказываются похожими, что неудивительно. Незамедлительно следует вывод, что этот индивидуум произошел напрямую от дяди. Или, напротив, дядя – от индивидуума. Это уже как они порешат. Это и называется «интерпретация». Примеров в академических журналах – масса…

Только недавно мы разбирали статью, в которой нашли, что геном ископаемых ямников (это – древние обитатели ямной культуры) похожи на геном древней культуры шнуровой керамики. Вывод – люди шнуровой керамики произошли от ямников, и получили от последних индоевропейские языки. То, что у ямников гаплогруппа R1b, а в шнуровой керамике – гаплогруппа R1a, на это они внимания не обратили. Гаплогрупп в статье они вообще не разбирали. Видимо, посчитали лишним – геном же похож, не так ли? То, что R1a и R1b – это «братья», которые произошли от одного «родителя» – гаплогруппы R1, и поэтому геном у них обязан быть похож – об этом, видимо, не подумали. На гаплотипы и не посмотрели, да их и не определяли. А гаплотипы сразу бы показали, что между R1a и R1b – не менее 40 тысяч лет разницы, да и между гаплотипами ямников и европейцев, древних или современных – тоже тысячелетия разницы. Не могли носители гаплогруппы R1b, эрбины, пройти напрямую из ямной культуры в Европу, во всяком случае, те ямники, геномы которых изучали.
 
Наконец, те субклады гаплогруппы R1b, которые были у тех ямников, а именно в основном R1b-L23-Z2103, в современной Европе почти не наблюдаются, их нашли у всего нескольких европейцев из десятков тысяч носителей гаплогруппы R1b в Европе, причем почти все европейцы имеют субклады R1b-U106 и R1b-P312 и нисходящие от них, которые не произошли от ямных R1b-L23-Z2103, это совсем другие ДНК-линии. Иначе говоря, не прошли те ямники и их потомки в Европу. Они, в лучшем случае, прошли на юг, на Кавказ и в Месопотамию, а в худшем (для них) случае – просто вымерли. Так что не принесли они индоевропейские языки в Европу, да и не могли принести. И эта грубая ошибка геномных попгенетиков произошла только потому, что не знают они ДНК-генеалогии, не хотят рассматривать.
 
Это просто один пример из десятков, когда «похожесть» геномов прямолинейно и бестолково берется как главный критерий. Ситуация напоминает ту, которая была в археологии в середине и второй половине прошлого, 20-го века, когда такой же критерий «похожести» показал свою несостоятельность, и в итоге археологи надолго отказались от изучения древних миграций, когда изучение основывалось на «похожести». Они поняли, что не могут отделить миграции от «культурной диффузии», и не могут определить направления миграций, когда основывались на «похожести» – то ли отсюда туда, то ли оттуда сюда. Тогда же был выдвинут лозунг «горшки – не люди», в том смысле, что похожие горшки в двух разных отдаленных местах не означает, что создатели этих горшков передвигались вслед за ними. Так что пора геномным попгенетикам, наконец, сообразить, что похожесть геномов не указывает на направления миграции древних людей, и перестать наступать на те же грабли.
 
Технически современная генетика вышла на такие рубежи, о которых нельзя было и помыслить еще несколько лет назад. Стало возможным выявлять в ДНК любого человека миллионы снипов, то есть практически необратимых мутаций, которые составляют уникальную мозаику, то есть картину снипов каждого. Эта мозаика отражает миллионы лет эволюции человека, и в эту картину входит множество снипов, унаследованных от общих предков человека и древних предков макаки, орангутанга, гориллы, шимпанзе. Эти снипы затем ушли к неандертальцам (у нас с неандертальцем общих снипов не менее 99%), древним африканцам, древним неафриканцам и их потомкам, и они есть в ДНК любого из нас, миллионы этих древних снипов.
 
Ну, и что с этим добром делать? Техника – в буквальном смысле на грани фантастики – нам это предоставила, и, как это бывает, обогнала мыслительный аппарат человека. Мыслительный аппарат эти миллионы снипов не схватывает, вручную их обработать нельзя. К счастью, компьютерная обработка данных тоже вышла на уровень граней фантастики, как и способы хранения и переработки информации. Осталось все это совместить.
 
И вот здесь начинаются большие проблемы. Человек ведь мыслит линейно, за редким исключением людей очень одаренных, которых называют гениями. Поэтому ординарные люди, исследователи генома, стали, естественно, применять к столь сложной проблеме простые линейные подходы, рассуждения, размышления. Выявил компьютер, что у американских индейцев усредненный геном на 11% схож с геномом усредненного русского, вот исследователь и записал: (1) индейцы с русскими совпадают по геному на 11%, значит, (2) русские произошли от американских индейцев. Причем, заметим, что это не компьютер говорит, это исследователь так трактует данные. Как он, исследователь, захочет. Причем, заметьте, не американских индейцев выводит из русских, а наоборот, хотя 11% похожести можно трактовать в любую сторону. На самом деле там похожесть вообще не имеет отношения к поставленному вопросу. У самого исследователя геном на 95+% схож с геномом шимпанзе, видимо, можно с таким же успехом записать, что шимпанзе произошел от того же исследователя. Разберем это чуть подробнее, нам это понадобится для дальнейшего изложения.


 

История с шимпанзе


Начнем с того, что компьютер сам не скажет, что геномы русского и американского индейца совпадают на 11%, или на сколько там еще. Для этого исследователь закладывает в компьютер программу и исходные условия, определения и допущения. Что там «совпало на 11%»? Там ведь миллионы снипов, включая снипы от общих предков с шимпанзе и прочих приматов, и совпадение с ними уже больше, чем на 90%. Иначе говоря, 11% – это уже означает, что большинство снипов «отфильтрованы», причем фильтрование тоже производится на условиях и по правилам, закладываемых исследователями. Это они диктуют компьютеру, как надо сортировать и фильтровать данные. При этом надо в первую очередь отфильтровать общие снипы древнего общего предка человека и шимпанзе. А его генома у нас нет. Поэтому генетики берут его «прокси», то есть представителя-заместителя, а именно, геном шимпанзе из современного зоопарка. Но наш шимпанзе – неважный прокси, так как его отделяет от того общего предка около пяти миллионов лет. За это время новых снипов у нашего шимпанзе образовалась масса, в абсолютном исчислении. Можно даже подсчитать, сколько. При скорости мутации 0.7х10-9 на пару нуклеоидных оснований в год, за 5 миллионов лет набежит в Y-хромосоме с ее 58 миллионов пар оснований 0.7х10-9 х 5х106 х 58х106 = 203 тысячи мутаций.
 
Часто работают с фрагментом Y-хромосомы размером в 10 миллионов пар оснований, но и там набежит 35 тысяч «лишних» мутаций, которые есть у нашего шимпанзе, но которых не было 5 миллионов лет назад у его общего с человеком предка. Иначе говоря, когда «фильтруют» снипы, то вычитают 203 тысячи лишних мутаций в расчете на Y-хромосому. Но какие лишние – неизвестно, потому что исходных данных давностью 5 миллионов лет назад нет.
 
Хуже то, что и шимпанзе разные, так что с мутациями опять неясность. Вот – простой пример. Работая над публикацией про гаплотипы древнего предка человека и шимпанзе, мы с коллегами провели поиск в геномной базе данных (European Nucleotide Archive и National Center for Biotechnology Information (NCBI) GenBank) по основным маркерам шимпанзе из панели наиболее «медленных» маркеров Y-хромосомы, принятых для человека, и получили следующие аллели, то есть в данном случае количество тандемных повторов (DYS 426, 388, 392, 455, 438, 578, 641, 472, 425, 594, 436, 490, 617, 568, 640, 492).
 
8 15 10 4 5 9 10 5 10 4 4 7 4 4 8 9
 
Это и есть гаплотип современного шимпанзе, во всяком случае, того, геном которого был заложен в базы данных, указанные выше. Как показали расчеты по этим маркерам, общий предок современного человека и шимпанзе жил 4.0±1.4 миллионов лет назад, что совершенно разумно, и согласуется с антропологическими датировками.
 
Через некоторое время в базе данных YSearch под номером 6RCUU появился гаплотип шимпанзе, представленный туда известным генетиком Томасом Краном, из источника, который описан так: Chimpanzee cell line Coriell NA03448. Гаплотип оказался совсем другим, хотя аллель при одном маркере – DYS641 – совпадала, была равна 10. Маркеры в основном тоже были другими (DYS393, 426, 388, 389-1, 458, 437, GATA H4, 570, 442, 578, 537, 641, 511, 444, 520, 446, 640, 492, 461, GATA A10, GAAT1B07, 441, 485, 533, 717), причем удивительно, что Кран использовал столь «быстрые» маркеры, ведь применять их к шимпанзе большого смысла не имеет, если сравнивать с маркерами человека. Впрочем, возможно, что у Крана были другие задачи. Но сейчас для нас главное не задачи Крана, а то, что на медленных маркерах общий предок современного человека и шимпанзе (по данным Крана) жил 3.8±1.5 миллионов лет назад, что тоже вполне разумно. Иначе говоря, шимпанзе Крана, как и «наш» шимпанзе, вполне «легитимны», но совершенно различны по гаплотипам. Гаплотип шимпанзе Крана был следующий:
 
10 10 12 12 15 14 9 4 14 5 9 10 13 10 18 21 12 10 13 5 7 9 14 9 19
 
и на самых медленных маркерах был совсем другой по сравнению с «нашим» шимпанзе:
 
10 12 5 10 12 10 (шимпанзе Крана)
8 15 9 10 8 9 (наш шимпанзе)
(маркеры DYS 426, 388, 578, 641, 640, 492).
 
И вот теперь главный вопрос – геном какого шимпанзе вычитали геномные попгенетики? Проверяли ли они на вычитание другого шимпанзе? Зная попгенетиков, ответ совершенно ясен – конечно, не проверяли. Как получилось, так и получилось. Но тогда какую научную ценность имеет то, что осталось после вычитания? Вопрос, впрочем, риторический. Кого бы там ни вычитали, все равно вычитали не тот набор мутаций, и в остатке после вычитания оказываются как сотни тысяч лишних снипов (которых не оказалось в данном конкретном шимпанзе в зоопарке), так и сотни тысяч снипов недостающих (которые были избыточно вычтены).
 
И вот сравнивают геномные попгенетики этот перекошенный геном после избыточного или недостаточного вычитания, скажем, с геномом неандертальца (точнее, неандерталки, все расшифрованные геномы неандертальцев, во всяком случае до последнего времени, принадлежали самкам), и говорят – о, смотрите, в них есть мутации, которых не было у шимпанзе (у того шимпанзе, из зоопарка!), но есть у современных людей. Значит, в нас есть доля неандертальцев! Мы произошли от неандертальцев! Пресса, конечно, сходит с ума от экстаза, бросает в воздух чепчики, не понимая, и не желая понимать и задавать вопросы (а зачем это им – сенсация ведь), что это не доля неандертальца, а просто не то вычитали. Из генома неандертальца ведь опять же того шимпанзе вычитали, из зоопарка, и опять сальдо-бульдо получилось дефектным. Причем поскольку тот, из зоопарка, был тем же, «референсным», то недостача или избыток снипов как у человека, так и у неандертальца были симметричными, одними и теми же. Вот и оказывается, что у человека тот же избыток снипов, что и у неандертальца. Сколько? Да те же 3%, которые находят по всему миру, кроме африканцев. Поскольку они разошлись с неафриканцами примерно 160 тысяч лет назад, то у них в определенной степени набежали одни снипы и не набежали другие, вот и разница.
 
И тогда станет понятно, почему исследования Крингса в 1997 году, которые тогда считали очень важными, а теперь и не упоминают, и которые показали, что мтДНК у современных людей и у неандертальцев принципиально расходятся (см. рис. ниже)
 

 
Среднее различие в последовательностях мтДНК между различными людьми на планете (первая диаграмма, среднее различие в 8±3 нуклеотидов), между людьми и неандертальцами (вторая диаграмма, среднее различие в 27±2 нуклеотидов), и людей и шимпанзе (третья диаграмма, среднее различие в 55 нуклеотидов). Такие же результаты были найдены и с другим неандертальцем, найденным в 2500 километрах от первого.
 
Вот так и получается – по мтДНК никакого близкого сходства между современными людьми и неандертальцами нет, по Y-ДНК не изучали (потому что все изученные по ДНК неандертальцы, повторяю, самки), но невероятно, что гаплотипы современных людей будут похожи на неандертальские, а геном при всех упомянутых манипуляциях оказался схож на 3%. И никто не приводит погрешности этих трех процентов, школа такая у попгенетиков, точнее, ее отсутствие. Что, если там 3±15%, что, скорее всего, и есть?
 
А то, что у африканцев этих трех процентов нет, как уверяют нас геномные исследователи, в то время как у неафриканцев есть, как-то ломает «теорию выхода» всех людей из Африки. Потому что тогда у всех людей, черных и белых, должны быть те самые 3% генома неандертальцев, куда же он делся? Остается вспомнить известный анекдот про трусы и крестик. Правда, и там нашли какое-то неуклюжее объяснение, не будут же попгенетики из-за каких-то неандертальцев терять столь ценную теорию выхода из Африки…
 
Конечно, я излагаю здесь картину в качественном виде, чтобы показать, в чем фундаментальные проблемы у попгенетиков с геномным анализом. Они сейчас, конечно, начнут выискивать у меня несущественные мелочи, типа что их «референсный» шимпанзе был не из зоопарка, а из Национального парка, только это сути не меняет. У него в любом случае около пяти миллионов эволюционной разницы с тем, геном кого надо было вычитать. Другие скажут – критиковать легко, а что вы сами предлагаете? Я отвечу, что предлагаю честно рассматривать и описывать данные в научных публикациях, и честно же сообщать, где данные шаткие или просто неверные, а не делать вид, что все правильно и других вариантов нет. Далее, я предлагаю пересчитывать данные не с одним шимпанзе, а с несколькими, поскольку геном получен не только для одного. Тогда станет ясно, что «доля неандертальца» в нас не те 3%, о которых постоянно докладывают, а может оказаться просто нулевой. И тогда надо честно же признать, что ошибка вышла, не подумали, статьи придется отзывать. Да, неприятно, зато честно по отношению к науке и читателям, которые в конечном итоге те геномные исследования и оплачивают.


 

Перейдем к африканским геномам


Перейдем еще к одной конкретной иллюстрации, как делаются попгенетические исследования генома человека. Я – не про глубокие исследования генома человека, которые успешно и продуктивно ведут настоящие генетики. Я – про попгенетиков, которые переместились на удобную поляну и продолжают «исследования» в своем духе. Добрались они и до «теории выхода современного человечества из Африки». За двадцать лет эта теория настолько укоренилась в ментальности и бумажниках попгенетиков (на это постоянно дают хорошие гранты), что стала аксиомой, догмой, религией. Они и помыслить не могут, чтобы в этой «теории» усомниться. Поэтому любое попгенетическое исследование по Африке сводится только к одному – еще раз «продемонстрировать» «выход из Африки». Другого быть просто не может. Это, конечно, не наука.
 
Только что, в июне этого года, вышла статья «Прослеживая путь современного человечества из Африки с использованием 225 геномных последовательностей эфиопов и египтян», опубликованная в «Американском журнале генетики человека». В авторах, как водится, ведущие силы мира в области популяционной генетики, стиль «исследования» и подходы которых сохранились еще со времен «модального гаплотипа коэнов» (давно отвергнутого, во всяком случае, в том виде, как это подавалось, поскольку его полно и у арабов, о чем эти ведущие силы ранее умалчивали), «отрицания миграций ариев в Индию», «популяционных скоростей Животовского» и соответствующих безумных датировок, которые они агрессивно отстаивали и не допускали других данных и интерпретаций до печати. Это, в частности, Chris Tyler-Smith, Toomas Kivisild, Marc Haber, Pierre Zalloua, Richard Durbin и другие, всего в авторах 18 человек. Первый автор – L. Pagani (Италия и Англия).
 
Эта статья, которую мы в образовательных целях разберем – как видно из названия, опять о «выходе современного человечества из Африки», а именно – якобы о геномном доказательстве этого якобы события, и, более того, об уточнении, как, каким путем, и когда это происходило. Посмотрим на материалы статьи внимательно, чтобы в очередной раз увидеть, насколько геномные данные бывают омертвлены плохой интерпретацией, не имеющей никакого отношения к самим данным. Да и к науке тоже.
 
Абстракт статьи начинается довольно странно – «Преимущественно африканское происхождение всех современных популяций человека хорошо установлено». Здесь неясно, что такое «преимущественно». Что, авторы статьи полагают, что есть и неафриканское происхождение некоторых популяций человека? Это что – свят, свят – мультирегионализм, или это неуверенность в своей вере? Правда, первая фраза самой статьи указывает, что этот выход произошел 50-100 тысяч лет назад из Африки в Евразию, но что путь, по которому выход происходил, является центральным вопросом антропологии, поскольку его выяснение будет иметь важные последствия для понимания эволюционной истории людей, живущих за пределами Африки. Выходит, то, что такого пути не было, авторы даже не рассматривают. Хотя они прекрасно знают, что сам выход из Африки продолжает оставаться дискуссионным вопросом. Но вера, религия на то и вера и религия, чтобы ни на шаг от нее не отступать. С этого места, то есть с самого начала, статья уже приговорена самими авторами к провалу. Потому что, как мы увидим, тот вариант, что выхода не было, и геномные данные можно (и легко) объяснить по-другому, авторами с самого начала отметается. Авторы загоняют себя в глухой тупик.
 
Ситуация, как пишут авторы во Введении к статье, осложняется тем, что нет ни археологических, ни генетических данных о том, по какому пути выходили из Африки древние люди – через Египет и Синай (северный путь), или через Эфиопию, а именно через Баб-эль-Мандебский пролив и Аравийский полуостров (южный путь). Здесь уместно сделать моё примечание – таких данных нет и не будет, если только их не фальсифицировать, поскольку древнего «выхода из Африки» просто не было, ни северным, ни южным путем, ни 50-100 тысяч лет назад, и ни в какое иное время, если говорить об «анатомически современном неафриканском человечестве». Напротив, в Африку – были, причем в значительных количествах, о чем свидетельствует (в частности) преобладание неафриканской гаплогруппы E во многих африканских странах – 46% в Египте, 59% в Алжире, 72% в Тунисе. В Египте добавляется еще неафриканская гаплогруппа J1 – 21%, то есть в Египте имеем уже две трети (67%) всего за счет двух ближневосточных гаплогрупп. А еще есть другие неафриканские по происхождению – 6.5% J2, 6% R1b, 6% Т, 5.5% G, 2% R1a, 1% L, 0.5% Q – уже имеем в Египте 94.5% неафриканских по происхождению гаплогрупп (данные Eupedia, 2015). Запомним эти данные, они нам понадобятся.
 
Как пишут авторы статьи, генетики обычно склоняются в пользу южного пути (добавлю от себя, что таких данных у генетиков никогда не было, это их фантазии, ни на чем не основанные), хотя, по убеждениям авторов неандертальская генетическая примесь наблюдается у всех неафриканцев и не наблюдается у африканцев, и это должно свидетельствовать в пользу «северного пути», особенно при том, что на юге Аравийского полуострова ископаемых неандертальцев не находили, а в Леванте – находили. От себя опять же добавлю, что это никоим образом не свидетельствует в пользу «северного пути выхода из Африки», и ничего не говорит о выходе из Африки вообще. Подумать только – в Леванте, на Ближнем Востоке, в древности жили неандертальцы, и это, по мнению авторов, свидетельствует о выходе людей из Африки 50-100 тысяч лет назад, причем северным путем! Видимо, на заранее назначенную встречу с неандертальцами. Кто видит хоть какую логику, не говоря о науке?
 
Чтобы перевести дыхание и немного развлечься, вспомним фантазии попгенетиков о «южном пути выхода из Африки», к тому же приукрашенные деталями. Некто Боринская, одна из ведущих сотрудников Института общей генетики РАН, впав в раж критики положения, что древние люди из Африки не выходили, живописала на сайте «Антропогенез», который редактирует Соколов (кстати, не научный сотрудник, а вроде как «журналист»): «согласно генетическим данным, примерно 70 тысяч лет назад люди покинули Африку, переправились через узкий пролив, отделяющий ее от Аравии, и стали двигаться на восток вдоль берега океана, используя богатые пищевые ресурсы береговой полосы». Ей ответил (в дискуссии на «Троицком варианте») антрополог Г. Дзибель, выпускник кафедры антропологии Стенфордского университета (США): «Уверяю Вас, что у популяционной генетики нет методов, позволяющих определить, что люди пересекают проливы и используют богатые пищевые ресурсы». Теперь вот и обсуждаемая статья возражает против «южного пути». Так зачем было живописать? А потому что нет ни знаний, ни квалификации, их заменяют фантазии.
 
Я могу только добавить к справедливому комментарию Г. Дзибеля, что это – наглядный пример профанации генетиками, в данном случае в лице Боринской, которая не только фантастически безграмотна, но и обманывает читателей, представляя то, что она живописует, как якобы «согласно генетическим данным». Вот именно так создавалась легенда о якобы «выходе человечества из Африки». На самом деле не было никакого «примерно 70 тысяч лет назад», как и всего остального, о чем излагала Боринская.
 
Итак, обсуждаемая нами статья указывает, что никаких свидетельств о том, что предки современного человека «переправились через узкий пролив, отделяющий Африку от Аравии» на самом деле не было, это даже не данные генетиков, это просто сказки, придуманные и разносимые генетиками типа Боринской. Ни грамма правды там нет. Но статья честнее, чем Боринская, поскольку честно говорит, что маршрут выхода науке неизвестен. Хотя то, что статья начинается с положения, что выход из Африки был, что совершенно не доказано, заставляет усомниться в способности авторов отличать правду от вымысла, различать, что в науке обосновано, а что необоснованно, и что бездоказательно, но постулировано.
 
Здесь можно только добавить, что часто в печати появляется информация о находках древних костных останках Homo sapiens или похожих на них в разных концах мира, как в материале ]]>по следующему линку]]>, где сообщается о находке в Израиле останков человека с датировкой 400 тысяч лет назад. Здесь не должен смущать термин «человека», так как неандерталец – тоже человек, он Homo, или Homo neanderthalensis. Каждый раз эти материалы сопровождаются примечаниями, что эти данные свидетельствуют против «выхода человека из Африки», но для других религия остается религией. Как и в обсуждаемой нами статье.
 
Последующее чтение статьи показывает, что ситуация еще более печальна. Авторы решили выявить и обосновать маршрут выхода из Африки, хотя никакого выхода не было. Понятно, что в такой проигрышной (для авторов и статьи) ситуации они должны были придумать что-то совершенно условное, надуманное, и принять это за факт. Другого в такой ситуации и быть не могло. И вот что они придумали и постулировали: описать геном африканцев, а именно египтян и эфиопов, и сопоставить его с геномом неафриканцев. Если геном эфиопов ближе к геному неафриканцев, то древнее человечество выходило через территорию нынешней Эфиопии, то есть по «южному пути». Если геном египтян ближе к геному неафриканцев (например, жителей Ближнего Востока), то выход человечества из Африки был по «северному пути».
 
Если кто-то при этом не засмеялся, то это люди выдержанные. Как можно из такого постулата исходить? А если миграции были, напротив, в Африку, то что, геномы не будут похожи? Естественно, будут похожи и тех, кто в Африке, и тех, кто «вне». И вообще, что значит «похожи»? Критерии? Датировки? Строго говоря, даже в таком натянутом варианте датировки генома в Африке должны быть намного древнее, чем генома вне Африки, причем именно намного, чтобы выйти за пределы коридора погрешности расчетов. Да и сами датировки генома – дело очень условное, еще и потому, что человечество не сидело там сиднем (в Африке и «вне») на протяжении тех самых 50-100 тысяч лет, мы знаем о множественных миграциях на Ближнем Востоке, в Месопотамии (то есть «вне Африки») примерно 10-8 тысяч лет назад и позже, определенно были и ранее, то же самое в Аравии, где находят следы древних поселений не позднее 100 тысяч лет назад, и куда те люди передвигались – из Африки ли, в Африку или мимо Африки – никто не знает.
 
Но читатели, надеюсь, заметили в статье то, о чем я писал в начале данного очерка – авторы опять используют «похожесть» как главный критерий, опять наступая на те же грабли. Действительно, для авторов главный вопрос был – на кого более похожи неафриканцы, на египтян или на эфиопов? Ответ, который авторы получили, вовсе не удивляет – похожи больше на египтян, значит, выход из Африки был по северному пути. Представляете? Посмотрите еще раз на основные гаплогруппы в Египте, приведенные выше – все сплошь неафриканские. Кто ожидал другого ответа? Причем здесь выход из Африки? Поскольку почти все предки современных египтян прибыли в Африку с восточной стороны, кто-то с севера, какой ответ можно было ожидать?
 
Но практически вся статья посвящена выяснению этого главного, как считают авторы, вопроса: сопоставлению геномов и выяснению того, кто более на кого похож. Трудностей с ответом здесь не предвидится. Но попгенетики хотят идти дальше, и начинают делать интерпретации, границ у которых уже нет. «Похожесть» уже трактуется в любую сторону, в зависимости от предпочтений и желаний авторов. А предпочтения и желания у них простые – перевести «похожесть» в конкретное направление древних миграций. Естественно, интерпретация была несложной – миграция была по северному пути, через Египет. Причем 50-100 тысяч лет назад. Причем древние предки египтян. Причем на Ближний Восток. Доказано.
 
На самом деле, пользуясь подходом авторов статьи о «похожести», исследования генома вообще не нужны. У населения Египта мужские гаплогруппы в целом такие же, как и на соседнем Ближнем Востоке. И понятно, почему – издавна у этих регионов были активные связи, для описания которых имеется множество археологических данных. Об этом написаны десятки, если не сотни томов. Поэтому вопрос о похожести геномов был предопределен, и места для якобы «южного пути» древних миграций никак не остается. У жителей Эфиопии коммуникаций с соседним Йеменом, отделяемым от Африки проливом Баб-эль-Мандеб, было неизмеримо меньше. Это видно и по сопоставлению гаплотипов Y-хромосомы. В Йемене – 81% гаплогруппы J, доминирующе ближневосточной, и никак не африканской или эфиопской. В соседней Эфиопии гаплогруппы J всего 18%, гаплогруппы Е – 58%, то есть больше, чем в Египте, и гаплогруппы А 17%, которой в Йемене практически нет. Так что картина, в целом, ясна и без генома. То, что гаплогруппы А за пределами Африки почти нет, да и та, что есть, совсем необязательно имеет древнее африканское происхождение (ископаемых африканских гаплогрупп нет, и тем более нет ископаемых гаплогрупп А в Африке), показывает, насколько, мягко говоря, бестолковую методологию используют авторы обсуждаемой статьи, привязывая к ней не менее бестолковую интерпретацию. В общем, добро пожаловать в популяционную генетику.
 
Надо понять мои замечания правильно. Рассмотрение и анализ генома популяций, этносов, родов (в понятиях ДНК-генеалогии), ископаемых костяков из древних захоронений и так далее очень важно, и дает исключительно нужную и ценную информацию. Соответствующая техника в обсуждаемой статье, как и в других статьях по геному человека, современного и из древних захоронений, является продвинутой и дает много исходных, первичных данных. Беда в том, что получаемые данные интепретируются «по понятиям», далеким от науки. В итоге в обсуждаемой статье они отвечают не на поставленный вопрос (по какому пути выходили древние люди из Африки), а на вопрос, как выглядит суммарный усредненный геном в Египте и Эфиопии (как в целом по Эфиопии, так и в некоторых других провинциях страны, взятых отдельно). К теории «выхода из Африки» это не имеет и малейшего отношения, как и к «маршруту выхода», которого, скорее всего, и не было. Маршруты «входа» авторы предпочли не рассматривать.
 
В результате этого ущербного подхода авторов занесло настолько, что они зачисляют в «OOA populations», то есть в «популяции, вышедшие из Африки», китайцев из Пекина, итальянцев из Тосканы, индийцев из Гуджарата, чтобы «посмотреть на их подписи миграции из Африки» (in order to look for a signature of the OOA migration). И, как авторы наивно поясняют, «эти подписи мы определяли как сходство между ними и геномами эфиопов и египтян»). Опять эта «похожесть», те же грабли, на которые постоянно наступают попгенетики. Ну, допустим, мой брат живет в Казахстане, я в США, геномы у нас похожи, и откуда мы «мигрировали»? Из США? Из Казахстана? Из России, где геномы «похожи»? Или из центральной Европы, где геномы тоже похожи, потому что там и там родительская гаплогруппа R1, которой в Европе более 80%?
 
Кошмар, только и остается сказать в отношении такого подхода геномных попгенетиков. Это у них – фундаментальная проблема. Чтобы «наука» пала так низко – это только в популяционной генетике можно себе представить. Другая фундаментальная проблема – это игнорирование попгенетиками подходов и результатов ДНК-генеалогии. А ведь они, эти подходы и результаты, дают четкую информацию по гаплотипам и гаплогруппам-субкладам, дают датировки несравненно более точные, чем это дают сотни тысяч и миллионы снипов в усредненных геномах. Речь не о том, чтобы отказаться от геномных исследований в пользу ДНК-генеалогии, но совместить те и другие. Это позволит резко сократить число альтернативных интерпретаций, которых в геномных исследованиях почти бесконечное множество.
 
В общем, с обсуждаемой статьей все ясно, это в отношении выводов банальная профанация. Но чтобы для читателей Переформата хоть что-то осталось «в сухом остатке», посмотрим, как сравнивали геномы египтян и эфиопов с евразийцами. Пусть это будет «клоком шерсти» с попгенетической овцы. Для этого авторы статьи взяли геномы 100 египтян и 125 эфиопов из пяти эфиопских популяций (Амхара, Оромо, эфиопское Сомали, Волоята и Гумуз), по 25 геномов из каждой. Здесь авторы опять делают пассы о том, что если миграция из Африки шла северным путем, через Египет, то тогда геномы египтян должны быть сходны с геномами неафриканцев, а если через Эфиопию… и так далее. Но в этом месте авторы встрепенулись и поделились, что недавние миграции туда-сюда, а именно в Африку и обратно, тоже надо бы учитывать (recent gene flow has drastically influenced the genomes of present-day Egyptians and Ethiopians). Поэтому авторы решили «выявить и замаскировать» «недавний геномный приток в Египет и Эфиопию».
 
Как мы прекрасно понимаем, это ничему помочь все равно не сможет. Во-первых, это «выявление и маскирование» опять связано с массой приближений и допущений. Во-вторых, это все равно безнадежно, потому что даже при отфильтровывании недавних миграций (что принципиально невозможно без ряда произвольных допущений) остаток в виде древних геномов все равно не показывает направлений миграций, и в лучшем случае показывает геномный обмен. То есть авторы просто забалтывают проблему, вводя лишние действия. Но поскольку изначально постулирован «выход из Африки», то из любого обмена геномами можно «выделить» компоненту, назвав ее «выход из Африки».
 
Ладно, продолжим, понимая всю бессмысленность этой акробатики авторов статьи. Авторы оценили, что «неафриканский вклад» в популяцию Египта составляет 80%. Хорошая цифра, круглая. Как считали – не описывают, типа верьте на слово. Указывают только то, что в расчетах использовали программу ADMIXTURE и «анализ принципиальных компонент». Но это все равно не имеет никакого значения. Если в усредненном геноме египтян 80% происходят он недавних миграций в Египет (погрешности к этим 80% не даются, но скорее всего, это будет типа 80±30%) с Ближнего Востока, а остальные 20% в Египте – от древних египтян 50-100 тысяч лет назад (интересно, какие у них были гаплогруппы? J1? J2? G2a? R1b? R1a? – опять авторы не определяют, ограничиваясь общими словами, а ведь из генома эти данные совершенно несложно извлечь), то все равно неизвестно, откуда те 20% пришли. Авторы постулируют, что из Африки. Угу. Так какие же у них гаплогруппы? Гаплогруппа А? Столько в Египте ее все равно нет, даже близко.
 
Авторы сообщили, что даже посчитали с использованием программы ALDER, что те 80% «пришлых» Египтян пришли в Египет всего 750 лет назад, и они относят это к мусульманам (around 750 years ago, consistent with the Islamic expansion). При расчете этого времени для египтян за референсные популяции принимали популяции йоруба (негроидная популяция Западной Африки, в Нигерии, Того, Бенине и Гане) и тосканских итальянцев. Хорошо, может быть, пусть даже ислам пришел в Египет в середине 13-го века, как считают авторы статьи, тогда как известно, что распространение ислама и арабизация Египта начались на шестьсот лет раньше, в 7-м веке, и продолжались пять веков. В 13-м веке Египет уже отражал вторжение монголов, пусть и небольшое по масштабам. Ну да ладно, это дело все равно не меняет и к выходу из Африки 50-100 тысяч лет назад никакого отношения не имеет. Остальную часть статьи авторы посвятили подобным же второстепенным вопросам, не имеющим ко времени выхода или маршруту выхода из Африки никакого отношения, видимо, посчитали главный вопрос уже решенным.
 
Вообще читать в статье, как вольно авторы обращаются с экспериментальным материалом – это, признаться, мука. Авторы пишут, что если предположить северный путь миграции, и далее ступенчатое расхождение геномов, вышедших из Африки, то египтяне покажут наибольшее сходство гаплотипов (в понятие гаплотипы здесь вкладывается свой смысл) с евразийскими популяциями. Мы уже показали выше, что это порочная «логика», и никакого отношения к «выходу из Африки» и «северному пути выхода» не имеет, но продолжим.
 
Далее авторы сообщают, что ограничили поиск числом в 18114 геномных участков, что составило 7.1 Mb генома, рассмотрели 457 геномных образцов неафриканцев, и идентифицировали в них 41141 гаплотипов, встречающихся у египтян, эфиопов и йорубян, чтобы выявить в них «генетическое соответствие» «с популяциями китайцев и тосканцев, вышедших из Африки» (!). Кто подумал, что у него (у нее) галлюцинации, воспровожу текст из статьи на языке оригинала: «and use them to estimate the genetic similarity between OOA (out-of-Africa) populations CHB (китайцев и прочих южных азиатов – ААК) and TSI (итальянских тосканцев) and each of the three African populations». Конец цитаты и фразы. И далее, приготовьтесь: «85% этих 41141 гаплотипов присутствовали во всех трех афиканских популяциях, и были отброшены как неинформативные» (!). Из оставшихся 15% больше гаплотипов пересекались у китайцев и тосканцев с египтянами, и меньше с эфиопами. Вывод – это опять показывает «северный путь» древнейших миграций из Африки, и этот вывод «робастный», то есть крепкий. Ну ладно, думаю, всем уже всё ясно.
 
Осталось упомянуть манипуляцию в статье археологическими данными, когда авторы выуживают из многих археологических находок на Ближнем Востоке единственную, а именно человеческие костные останки в Израиле с датировкой 55 тысяч лет назад, и сообщают, что это fit, то есть согласуется с их данными по выходу из Египта «на восток по северному пути», цитирую – «in Israel (close to the northern route)», умалчивая про множество других датировок, включая 400 тысяч лет назад, упомянутую выше. Это – тоже порочный стиль попгенетиков. Выборочное выхватывание из литературы «подходящих» данных.
 
В завершение – вот как выглядят уже преобразованные (не первичные) данные, обработанные программой ADMIXTURES, то есть (генетические) примеси. Индексы К слева – это степень детализации преобразования геномных данных, от более грубой (К=2) до более детальной (К=5). Левая панель (YRI) – усредненный геном народности йоруба из Западной Африки, следующая панель (LWK) – кенийцы, панель ASW – афроамериканцы с юго-запада США, затем идут пять эфиопских популяций по провинциям, из них популяция Gumuz считается генетически наиболее «чистой», далее египтяне, у которых при большем разрешении наиболее выражен один (розовый) компонент, которому трудно что-то сопоставить, с учетом сообщения авторов, что в Египте 80% – пришлые за последнее тысячелетие популяции, которые вряд ли столь гомогенны по геному, чтобы составить однородное розовое поле. Авторы полагают, что розовое поле – это «ближневосточная компонента». Видимо, отсюда и появились те 80% «пришельцев в Египет» в недавнее время.
 

 
Другие четыре рассматриваемые компоненты у египтян минорные, что не стыкуется с составом мужчин-эфиопов по гаплогруппам (см. выше), где 46% гаплогруппы Е и 21% гаплогруппы J, они, видимо, вошли в розовое поле «пришельцев». Но с геномными данными трудно что-либо сравнивать, так как картинки сильно плывут при изменении индекса К, и кто знает, куда уйдет диаграмма при дальнейшем увеличении К. За египтянами идут тосканские итальянцы (TSI), и последними – китайцы (CHB). По мнению авторов, серое поле – европейское наследие, только что-то уж сильно оно гуляет при изменении параметра К. При К=2 и китайцы все европейцы, и почти все египтяне, при К=2 и =3 почти все египтяне продолжают оставаться европейцами, и вдруг при К=5 европейцы в египтянах скачком оказываются минорными, и уж совсем минорными оказываются в них африканские компоненты – зеленая (западно-африканская, по мнению авторов) и желтая (восточно-африканская, как полагают авторы). А китайцы из европейцев вдруг оказываются сплошь китайцами, без каких-либо геномных различий между ними, что, конечно, более чем странно, поскольку китайцы весьма гетерогенны по составу, какие критерии ни брать – антропологические, языковые, ДНК-генеалогические и прочие.
 
Если кто из этого сможет извлечь «выход из Африки», да еще и маршрут выхода – сообщите, с удовольствием ознакомлюсь.
 
Анатолий А. Клёсов,
доктор химических наук, профессор

 

Загрузка...
Развернуть комментарии